Scott Thunes (født 1960 i Los Angeles) er en amerikansk bassist som spilte med Frank Zappa fra 1981 til 1988 og er å høre på album som Them or Us, Broadway the Hard Way og Grammy-vinneren Jazz from Hell. Spillestilen hans blander jazzimprovisasjon, klassisk musikalitet og en punkete angrepsvinkel - og fra 1984 fungerte han også som Zappas øvingsleder under tittelen Clonemeister. Etter mange år borte fra scenen kom han tilbake via The Zappa Band og driver nå Thunes Institute of Musical Excellence (TIME), et intensivt mentorprogram for unge musikere i Bay Area.
Thunes ledet sitt studentband fra Thunes Institute of Musical Excellence (TIME) på en europeisk turné som støttet Gibby Haynes (Butthole Surfers), med datoer i Helsinki, Berlin, Amsterdam, London og andre byer.
Flere musikuttak kunngjorde Gibby Haynes / TIME europeisk turné, og beskrev TIME som en gruppe tenåringer i alderen 13-19 som hadde trent under Thunes i to år.
Premier Guitar publiserte en intervju med Thunes om hans bassreise fra Zappa til undervisning ved Marin School of the Arts.
The Zappa Band, med Thunes sammen med Mike Keneally, Ray White og Robert Martin, åpnet for King Crimson flere ganger på deres nordamerikanske turné.
Thunes var del av det offisielle Zappa-bandet på Frank Zappa hologram-turneen, hvor han spilte bass og sang bakgrunnsvokaler.
