Scott Thunes (född 1960 i Los Angeles) är en amerikansk basist som spelade med Frank Zappa 1981-1988 och medverkar på album som Them or Us, Broadway the Hard Way och Grammy-vinnaren Jazz from Hell. Hans spelstil blandar jazzimprovisation, klassisk musikalitet och punkig attack - och från 1984 fungerade han även som Zappas repetitionsledare, kallad Clonemeister. Efter en lång paus från scenen återvände han via The Zappa Band och driver nu Thunes Institute of Musical Excellence (TIME), ett intensivt mentorprogram för unga musiker i Bay Area.
Thunes ledde sin studentband från Thunes Institute of Musical Excellence (TIME) på en europeisk turné som backade Gibby Haynes (Butthole Surfers), med datum i Helsingfors, Berlin, Amsterdam, London och andra städer.
Flera musikmedier tillkännagav Gibby Haynes / TIME europeiska turné och beskrev TIME som en grupp tonåringar i åldern 13-19 som hade tränat under Thunes i två år.
Premier Guitar publicerade en intervju med Thunes om hans basresa från Zappa till undervisning vid Marin School of the Arts.
The Zappa Band, med Thunes tillsammans med Mike Keneally, Ray White och Robert Martin, öppnade för King Crimson flera gånger på deras nordamerikanska turné.
Thunes var del av det officiella Zappa-bandet på Frank Zappa hologramturnén, där han spelade bas och sjöng bakgrundsvokaler.
